غیبت امام مهدى ـ عجل الله تعالی فرجه ـ به دو دوره تقسیم مى‏ شود: «غیبت صغرى» و «غیبت كبرى». 
غیبت صغرى از سال 260 هجرى (سال شهادت امام یازدهم) تا سال 329 (سال در گذشت آخرین نایب خاص امام) یعنى حدود 69 سال بود. در دوران غیبت صغرى، ارتباط شیعیان با امام به کلى قطع نبود و آنان، به گونه‏اى خاص و محدود، با امام ارتباط داشتند. 
توضیح آنكه: در طول این مدّت، افراد مشخصى به عنوان «نایب خاص» با حضرت در تماس بودند و شیعیان مى‏توانستند به وسیله آنان مسائل و مشكلات خویش را به عرض امام برسانند و توسط آنان پاسخ دریافت دارند و حتى گاه به دیدار امام نائل شوند. ازینرو مى‏توان گفت در این مدّت، امام، هم غایب بود و هم نبود. 
این دوره را مى‏توان دوران آماده سازى شیعیان براى غیبت كبرى دانست كه طى آن، ارتباط شیعیان با امام، حتى در همین حد نیز قطع شد و مسلمانان موظف شدند در امور خود به نایبان عام آن حضرت، یعنى فقهاى واجد شرائط و آشنایان به احكام اسلام، رجوع كنند. 
اگر غیبت كبرى یكباره و ناگهان رخ مى‏داد، ممكن بود موجب انحراف افكار شود و ذهنها آماده پذیرش آن نباشد. اما گذشته از زمینه سازیهاى مدبرانه امامان پیشین، در طول غیبت صغرى، بتدریج ذهنها آماده شد و بعد، مرحله غیبت كامل آغاز گردید. همچنین امكان ارتباط نایبان خاص با امام در دوران غیبت صغرى، و نیز شرفیابى برخى از شیعیان به محضر آن حضرت در این دوره، مسئله ولادت و حیات آن حضرت را بیشتر تثبیت كرد. با سپرى شدن دوره غیبت صغرى، غیبت كبرى و دراز مدّت امام آغاز گردید كه تاكنون نیز ادامه دارد و پس از این نیز تا زمانى كه خداوند اذن ظهور و قیام به آن حضرت بدهد، ادامه خواهد داشت. 
غیبت دو گانه امام دوازدهم ـ عجل الله تعالی فرجه ـ ، سالها پیش از تولد او توسط امامان قبلى، پیشگویى شده و از همان زمان توسط راویان و محدثان، حفظ و نقل و در كتابهاى حدیث ضبط شده است كه به عنوان نمونه به نقل چند حدیث در این زمینه اكتفا مى‏كنیم: 
1 - امیر مؤمنان - علیه السلام - فرمود: 
(امام) غایب ما، دو غیبت خواهد داشت كه یكى طولانى‏تر از دیگرى خواهد بود. در دوران غیبت او، تنها كسانى در اعتقاد به امامتش پایدار مى‏مانند كه داراى یقینى استوار و معرفتى كامل باشند. 
2 - امام باقر - علیه السلام - فرمود: 
(امام) قائم دو غیبت خواهد داشت كه در یكى از آن دو: خواهند گفت: او مرده است...
3 - ابوبصیر مى‏گوید، به امام صادق - علیه السلام - عرض كردم: امام باقر مى‏فرمود: قائم آل محمد ـ عجل الله تعالی فرجه ـ دو غیبت خواهد داشت كه یكى طولانى‏تر از دیگرى خواهد بود. 
امام صادق - علیه السلام - فرمود: بلى، چنین است...
4 - حضرت صادق - علیه السلام - فرمود: 
امام قائم دو غیبت خواهد داشت: یكى كوتاه مدّت و دیگرى دراز مدّت...

سیر تاریخ، صحت این پیشگوییها را تأیید كرد و همچنانكه پیشوایان قبلى فرموده بودند، غیبتهاى دو گانه امام عینیّت یافت.

مهدي پيشوايي - سيره پيشوايان ، ص 673